南京医科大学校友会成立于2004年10月26日,在江苏省民政厅注册,业务主管单位是江苏省教育厅,2011年7月16日加入中国高等教育学会校友工作研究分会。校长沈洪兵为第二届理事会会长、法定代表人。目前,本会有1个境外校友会、4个海外留学生校友会、 6个省外校友会、7个省内地方校友会、4个学院校友会、2个年级同学会。