南京医科大学校友会成立于2004年10月26日，在江苏省民政厅注册，业务主管单位是江苏省教育厅，2011年7月16日加入中国高等教育学会校友工作研究分会。目前，本会有1个海外校友会、3个留学生校友会、 7个省外校友会、9个省内校友会、6个学院校友会、2个同学联谊会。