南京医科大学校友会成立于2004年10月26日，在江苏省民政厅注册，业务主管单位是江苏省教育厅，2011年7月16日加入中国高等教育学会校友工作研究分会。目前，本会有1个海外校友联络处、5个留学生校友联络处、 8个省外校友联络处、10个省内校友联络处、11个学院校友联络处、2个同学联谊会。